Jusqu'à 2005, l'Institut Supérieur de Musique a choisi de garder une seule formation diplômante en musique et musicologie, débouchant sur une maîtrise unique octroyant aux ressortissants de l'Institut une possibilité d'enseigner dans les écoles et lycées ou conservatoires nationaux et régionaux.
C'est en 2002 que l'ISM de Tunis s'est doté d'un master en musique et musicologie référé comme spécialité à un cursus tripartite en sciences culturelles, le reliant à l'Institut Supérieur d'Art Dramatique et l'Institut Supérieur de l'Animation Culturelle. A noter que l'ISM de Tunis a eu son premier régime officiel des études et des examens publié au Journal Officiel de la République Tunisienne le 25 janvier 2000 uniformisant par la même cette maîtrise relativement aux trois instituts comptant aussi celui de Sousse et de Sfax.
Un effort pédagogique entrepris par les professeurs de cet institut autour de  la nouvelle administration menée par le Professeur Mohamed Zinelabidine,

allait donner à l'ISM de Tunis des orientations pédagogiques et scientifiques innovantes.
C'est ainsi que l'institut comptera, au titre de 2006/2007 cinq maîtrises, une licence(LMD), deux masters(de recherche et spécialité), un doctorat(voir formation), ce qui permettra de répondre au mieux aux attentes et aptitudes des étudiants dans un contexte socioculturel en quête de spécialisation et d'employabilité. Les réformes pédagogiques de l'institut ont contribué à mettre de l'ordre dans les objectifs de cet institut pour qu'il soit un élément supplémentaire au service des stratégies et finalités nationales, en adéquation avec le rôle grandissant de la musique dans l'échéquier social, économique et  politique, valorisant au passage le statut de l'artiste comme étant un vecteur incontournable du développement durable dans lequel s'inscrit la Tunisie.